江户时代，西南的几个强藩就已经很彪悍了，不过当时幕府还罩得住，总算没闹出什么乱子来。可是随着黑船叩关事件的发生，一切的局面可就全都改变了，决定国家走向的武士们，分裂成了尊王攘夷的尊攘派，以及谋求向西方学习的开国派。
开化派是少数中的少数，少到几乎可以忽略不计，所以重头戏都在尊攘派身上。尊攘派内部也分成了两派，一派是公武合体派，一派是倒幕派，两帮人虽然同样打着尊王攘夷的旗号，但两派根本上就已经分道扬镳，不但不能同心协力，见了面还得往死里掐。
本来包括长洲、萨摩等藩在内的绝大多数人，都是支持公武合体的，但是随着幕府一次次掉链子，让越来越多的人对幕府彻底失望，转而成为了倒幕派。为了让国家向自己预期的方向发展，公武合体派和倒幕派在幕末没完没了的折腾了好几次，八月十八日政变、禁门之变、功山寺起义等等，几乎被天皇住的京都给变成了战场。天皇的家都快被拆了，实在是闹得有些不像话，而且一些有识之士，也觉得这样的瞎折腾根本不是办法，其中的代表人物便是坂本龙马。
坂本龙马本名直柔，出身非常低微，他的祖父直益本是酒店“才谷屋”的少东家，后来过继到土佐藩一个下级武士家庭，才始取得“乡士”的资格。龙马曾经抱持着攘夷思想，脱藩前往江户，打算刺杀开国派的幕臣胜海舟，但结果反被胜海舟说服，成为开国论的主要鼓吹者之一。
坂本龙马构思出了自己独特的共和政体论，随后他就在长崎龟山创立了“龟山社中”，后来又名“海援队”。“龟山社中”不仅仅是商务贸易组织，它还是尊王志士们的总联络站和情报站，利用这个组织，龙马把大量精力和金钱都投入到尊王倒幕运动中去。
坂本龙马并不赞成武力倒幕，他认为只有各地雄藩联合起来，才能逼迫幕府自动地“大政奉还”，也即把权力返还给天皇朝廷，完成不流血的革命。为了达成这个目的，龙马决定首先要让尊攘派的两个最大基地——长州和萨摩——携起手来。
萨摩藩和长洲藩可不怎么和睦，无论是八月十八日政变、禁门之变，还是幕府第一次讨伐长洲，萨摩藩都是出了大力的。长洲人最恨的就是会奸、萨贼，在他们眼里萨摩藩和会津藩都是一样的混蛋。也只有坂本龙马这么有胆略气魄的人，才敢来游说两藩联合，换了一般人，想想都觉得不可能。
萨摩藩本是尊攘派的重要基地，公武合体的色彩极为浓厚，当坂本龙马和好友中冈慎太郎来到萨藩的时候，掌握藩中实权的就是第一次长州征伐战的总参谋西乡隆盛和大久保利通。萨摩藩前此所以会协助幕府与长州军交战，本是为了掌握京都的实权，完成藩主岛津久光公武合体和“雄藩公议”的政治理想。可是幕府在战败长州以后却卸磨杀驴，加速恢复幕权，同时故意搅黄明令召开的雄藩会议。在这种情况下，西乡隆盛、大久保利通等人的思想开始倾向于武力倒幕。再有了龙马和慎太郎的反复劝说，西乡隆盛终于答应和长州联起手来，伺机推翻幕府的腐朽统治。接着，两人又来到长州游说，虽说长州人恨透了“会奸”、“萨贼”，但眼界开阔的桂小五郎和高杉晋作还是力排众议，决定争取萨摩这个强有力的外援。
在坂本龙马和中冈慎太郎的反复奔走游说下，庆应二年正月，长州重臣桂小五郎再次秘密潜入京都，在萨摩藩邸和西乡隆盛会面，签署了共同进退的同盟协议。幕府对此秘密同盟懵然无知，他们只看到了高杉晋作的“功山寺起义”，看到长州藩的割据倾向，于是决定发动第二次“征长战争”。
萨摩藩虽然这次不玩了，但是家茂将军还是拼凑起了各藩联军十五万之众，分从山阴、山阳、濑户内海和北九州四个方向合围长藩。幕府先锋总大将是德川茂承，家茂将军还亲自离开江户，坐镇大坂城指挥战斗。幕府三万陆军从山阴方向走石州口，五万陆军从山阳方向走艺州口，两万水陆联军从长门南方登陆走大岛口，另外主力五万以北九州的小仓城为基地走九州口，目标直指长州重镇下关和主城萩城。对比幕府的十五万大军，长州可战之兵不过区区四千人而已。如果家茂将军这次能够一鼓荡平长洲藩的话，日本的历史进程，肯定会被彻底改写，可惜长洲藩有一个不世出的奇才——大村益次郎。
四境战争打了不到两个月，便因为家茂将军因脚气离世，而草草落下了帷幕，无论从哪个角度来说都是以四千克十五万的长洲藩打赢了。这场战争彻底摧毁了幕府的权威，让将军的威望一落千丈，长洲藩也正式成为了不受幕府管束的割据雄藩。
长州之所以能够在“四境战争”中取得胜利，原因是多方面的，最主要在于幕府的腐朽、诸藩联军的装备既差，配合度又不高，而长州则经过军制改革，装备精良，同时上下一心，士气高涨。此外，萨摩以及英国对长州的暗中支持，也起了很大的作用。
当时英、法两国争夺对日本的控制权，英国认为幕府已经彻底腐朽，无法利用它来统治整个日本，因此转而支持藩政开明，并且逐渐打开国门的萨摩、长州等藩，希望实现以天皇为中心的雄藩联合体制——也就是坂本龙马所设想的那一套。而法国看到英国这种态度，反倒加强了支持幕府的力度。可以说，如果没有英国人掺和，长州未必能够轻松打赢“四境战争”，而如果法国人不在其中搅事，大概高杉晋作在战胜后会趁胜追击，直取京都去也。
随着第十四代将军德川家茂和孝明天皇的离世，公武合体最后的一点点希望也泯灭了，倒幕便成了日本最重要的活动。