阿古柏不是中国人，这位大仙是浩罕汗国的人，所以他得算是外来入侵者。比较古怪的是，他这个入侵者不是主动来的中国，而是被人给请进来的。要说清他是怎么来的，可不容易，得倒回到乾隆年间。
新疆这块土地，在汉朝的时候就归入了中国，之后时而统一在大家庭之内，时而流落在外。当地也曾是汉人富饶昌盛的家园，但是随着中原王朝的分分合合，渐渐就彻底阿拉伯化了。等到大清入主中原并开始平定天下的时候，新疆已经形成了许多的教派领主，并且被准格尔收服。
到了乾隆年间，大清历经三代帝王，终于搞定了烦人的准格尔，顺便解放了在伊犁当人质的大小和卓兄弟。结果这次人质解救行动的后果非常恶劣，因为对于大小和卓兄弟来说，大清可不是他们的解放者，而同样是一群侵略者。大小和卓兄弟当人质虽然很憋屈，但是他们想要的可不只是自由。为了建立自己独立的*国家，大小和卓兄弟一得了自由，便开始纠合势力，准备武装反清。他们虽然扇呼起来了不少的各地城主，但是面对强势的清军，他们也只有死路一条。
大小和卓的叛乱被轻易平定了，但是大清并没有做到斩草除根。大和卓的儿子萨木克，在大、小和卓灭亡后出逃葱岭西边的浩罕国，大清没有穷追不舍，只是每年拿一万两白银，让浩罕国国王代为监视萨木克。萨木克到是没给大清添乱，不过他为自己的父亲，生了一个好孙子出来，就是同样很善于折腾的张格尔。
张格尔野心勃勃，时刻梦想在南疆恢复和卓家族的统治，建立独立国家，为此“以诵经祈福传食部落“。 张格尔继承祖宗遗志，一定要搞独立国家，为此还真没少努力。早年曾在英国控制的阿富汗首都喀布尔留过学，接受英国人的顾问、训练和武器。
张格尔在英、俄及浩罕汗国的支持下，潜入南疆发动叛乱，从嘉庆二十五年，一直捣乱到道光十一年。道光六年的一次叛乱规模最大，张格尔率浩罕、布鲁特五百余人，窜回喀什噶尔附近，以礼拜其祖先玛杂(坟墓)为名，利用南疆各族部民的宗教情绪，集众万余人发动叛乱。先后攻占喀什噶尔、英吉沙尔、叶尔羌、和田等城，自称赛义德·张格尔苏丹，准备独立搞个斯坦。清政府命伊犁将军长龄调集吉林、黑龙江、陕西、甘肃、四川清军万余人，会师于阿克苏，组织全面进攻，相继收复喀什噶尔等城。道光八年初，张格尔逃至喀尔铁盖山被清军擒获，解至北京处死，叛乱平定。张格尔这次闹腾，除了赔上自己一条命，让许多无辜的官兵战死沙场之外，还让浩罕汗国占了大便宜。
浩罕汗国是中亚的大国，实力比较雄厚，虽然也拜过大清皇帝这个区域大哥，但是底下的小动作一直就没有停过。浩罕汗国保持着对清朝的朝贡，同时与俄罗斯也确定了贸易关系，从而打通了东西方的贸易路线，获得了大量的经济利益。因为其与清朝的关系愈加紧密，浩罕商人垄断了新疆的进出口贸易，使得浩罕汗国成为了中亚最大的贸易国。当时中亚市场上流通的金银装饰物，武器甚至日用品都是由浩罕汗国所垄断。除此之外，从中国出口到西方的茶叶，丝绸，陶瓷器等等，也都要通过浩罕汗国。伴随着经济的增长，浩罕汗国也摆脱了处于边境地区荒芜的面貌，加速了社会基本设施的建设，逐渐成为了该地区军事·宗教·商业的中心。
混的壮了，自然就想把地盘做的大一点，浩罕汗国把目光投向了大清的口袋里的喀什地区。找大哥单练浩罕汗国还没这个勇气，但是玩点损的他们还是敢的，比如支持新疆地区的同教兄弟叛乱。浩罕一直支持新疆地区的同教兄弟反抗清廷统治，之前就拒绝引渡大和卓之子萨木克，并在英国支持下为萨木克策划复国。萨木克死后，穆罕默德·阿里汗又支持大和卓的孙子张格尔入疆建立“赛义德·张格尔苏丹国“，并出兵叶尔羌地区。
张格尔之乱引发了几十年未遇的新疆大规模叛乱，起初清朝毅然与浩罕汗国断交，但是这次大叛乱也给清朝在新疆的统治带来了很大打击，使得清政府不得不考虑与浩罕汗国相妥协。道光十年，清朝与浩罕汗国议和，同意了浩罕汗国向新疆六城地区派遣“长老“，行使领事特权的要求。通过派遣长老，浩罕汗国可以一面保护浩罕商人在新疆的利益，同时直接对浩罕商人征税，从而保证浩罕汗国垄断在六城地区的贸易利益。但是浩罕汗国还是没有放弃其对喀什地区的野心，时常支持和卓族人的复国行动，介入新疆事务。
大清与浩罕汗国在新疆的纷争，很难说的清楚，因为大清认为这是国与国之间的政治问题，浩罕汗国却认为这是他们的宗教事务。也不止是浩罕汗国，几乎整个阿拉伯世界都这么认为，只要是*的事，他们就管得着。虽然后来大清也接受了浩罕汗国的想法，但是大清的做法却二到了极点，同意外国人管理本国宗教事务，完全是自己给自己找不自在。这次西北回乱，便成了不自在凸显的契机，大清还只是遇到了*烦，浩罕汗国则把自己给坑死了。
西北一乱，新疆也就跟着乱了起来，不过前期一直是各大领主内部掐来掐去，没想到掐架吃亏了的喀什回部首领柯尔克孜伯克司迪尔，派人去浩罕汗国叫帮手了。这帮大哥可没有国界的概念，对于他们来说，大清这边都是可恶的异教徒，葱岭西边那些人才是和他们一个信仰的自己人。所以浩罕汗国的外国人阿古柏，护送着张格尔的儿子布素鲁克，又回到了新疆。回来的第一件事，就是把请他们来的司迪尔给赶出了新疆。
本来阿古柏还得几年才能凭借英国人援助的武器，完成对新疆的全面侵略，建立自己的汗国，顺便坑死浩罕汗国，但是果兴阿与俄国的激战改变了他的命运。